规范。目前对专项转移支付标准不甚明确，专项转移支付规模过大。另外，部分专项转移支付项目设置交叉重、分配制度不够完善、资金投向较为分散，重点不突出。在专项拨款执行过程中，缺乏科学的法规依据和合理的分配标准，受人为因素影响很大，而且往往要求提供配套资金，落后地区由于财力有限很难做到这一点。
四是省以下转移支付制度尚未建立健全。1994年的分税制改革没有对省以下财政转移支付制度做出专门的规定，主要由省级政府根据分税制财政管理体制的要求和本地区的情况来确定。从现在各省市对下级政府的转移支付制度建设来看，制度安排、技术处理、转移规模等都显得粗糙和不足。
四、促进功能区建设的转移支付制度设计
一是明确转移支付的公共服务均等化定位。要树立正确的政绩观，建立体现科学发展观与构建和谐社会要求的经济社会发展综合评价体系，实现政府职能的转变。把有限的财政转移支付资金重点用于限制类、禁止类开发区域以及能源、交通和通讯、教育科技、医疗保健、环境保护等基础产业和社会公共事业。
二是完善转移支付形式和手段。根据转移支付手段的不同功能和转移支付制度的具体目标，上级政府应对基层政府提供一般转移支付和专项转移支付。前者主要用于解决限制开发区、禁止开发区财政自身平衡能力的不足；后者主要用于帮助限制开发区、禁止开发区居民享有与整个国民经济发展水平相适应的公共服务。例如用于农村地区文教、科学、卫生和生态环境的改善，以及能源、交通、通讯等基础条件的改善。为切实保证资金的使用方向，基础性公共服务要坚持结果上的基本均等原则，在地区费用调整的基础上采取专项转移支付，同时加强后期使用过程中的跟踪管理，防止资金的漏损；差异性公共服务的均等化应采取一般性转移支付，在资金使用过程中充分利用公共选择机制，充分尊重广大农民意愿，提高资金使用效率。
三是进一步完善省以下财政管理体制。首先，应该积极稳妥推进行政管理体制改革，减少政府层级，逐步建立“省管县”财政管理体制，为进一步完善分税制体制和健全地方税收体系打下坚实的基础。其次，除了中央政府要继续加大对省财政转移支付规模以外，省级政府还要通过增加财政收入规模、优化财政支出结构、压缩本级政府支出等方式，积极拓宽转移支付资金来源渠道，增加一般性转移支付资金规模，加大对优先类、重点类开发区域内困难县乡以及限制类、禁止类开发区域的支持力度。再次，要建立一套适合本区域实际情况的财政转移支付激励和约束机制，合理引导地方政府尽可能多地将上级政府的财政转移支付资金及自身的部分财政资金分配到辖区内的限制类、禁止类开发区域，促进其经济社会事业发展。
四是建立横向转移支付制度。根据主体功能区建设规划，我国东部地区多数会被划为优化开发区、重点开发区，而中西部地区多会被划为限制开发区、禁止开发区。这两地区间政府间财力差距过大，中央财力又十分有限，单靠中央对地方的纵向转移，实现地区间公共服务的均等化，难以实现。因此，可以在目前以纵向转移模式为主的同时，试行横向转移支付。实施横向转移支付对于经济交往较为密切的两个地区政府来说，最终会产生双赢的良好局面，各取所需，相互协作，根据禀赋条件互补发展，因此，在充分认识到这一效应后，财政能力强的地区（优化开发区和重点开发区）会“自愿地”对财政能力弱的地区（限制开发区和禁止开发区）提供转移支付支持。
五是建立健全生态补偿的转移支付机制。在我国目前的生态转移支付中，只有中央财政以项目建设的方式对于特定地区的支出，至于区域、流域或产业间的经济与生态关系密切的地区，其建立在生态受益区购买生态建设区生态服务基础上的市场机制还不存在。对于这种生态公共产品要建立有效的补偿机制，做到“谁受益谁补偿”。那么从生态补偿机制上来说，在优化开发区、重点开发区和限制开发促进主体功能区建设的财政转移支付制度设计区、禁止开发区间建立适当的生态补偿的转移支付机制是必要的。建立生态转移支付制度应该以调整相关利益主体间的利益分配关系为核心，以内化生态保护或破坏行为的外部成本为基准，以经济激励为手段，坚持“谁受益谁补偿”的原则，以改革和完善现有相关政策为基础，逐步建立新的生态补偿制度。
此外，还要建立健全财政转移支付的监督评价机制，一方面，要建立财政转移支付效果的考评机制，建立一系列的量化指标，对财政转移支付资金运用的经济社会效益进行考察和评价。另一方面，要严格控制专项转移支付项目的设置，统筹安排转移支付资金，改进资金分配机制，切实保障资金能用于公共服务中。主体功能区建设有利于推进实施可持续发展战略和空间均衡发展，但现行财政制度离主体功能区的要求差距较大，需要我们在实际中寻找、发现新问题，切实加强研究，制定更为科学合理的转移支付制度，加速我国主体功能区战略的顺利推行。