流行病学发现，“菌阴肺结核”已成为当前结核病控制的难点和热点。“菌阴肺结核”患者的传染性是肯定的，它在结核菌的传播和致病方面大约占1/3和1/4，是造成结核病流行的不可忽视的群体。“菌阴肺结核”患者约占所有肺结核患者的30%~70%。
什么是“菌阴肺结核”？即临床检测至少3次痰涂片、1次痰培养抗酸分支杆菌阴性（找不到结核菌）的活动性肺结核，称为“菌阴肺结核”。
“菌阴肺结核”的特征：
1.具有典型肺结核临床症状和胸部X线表现；
2.抗结核治疗有效；
3.临床可排除其他非结核性肺部疾患；
4.支气管肺泡灌洗液BACF检出抗酸杆菌；
5.支气管或肺部组织病理检查证实有结核性改变；
6.结核菌皮肤试验强阳性，血清抗结核抗体阳性；
7.痰结核分支杆菌PCR加探针检测阳性；
8.肺外组织病理检查证实有结核病变。
存在肺部病变，诊断“菌阴肺结核”以1~5项为主要指标，6~8项为参考指标。具备1~6条中3项或7~8条中任何1项即可确诊。
严格地说，痰及病变组织中查出结核杆菌是诊断结核病的金标准，胸部X线检查不能确诊肺结核。但细菌的检测结果受病理状况、结核分支杆菌状态、细菌学检查方法等诸多因素的影响，如果以痰结核菌检查作为唯一的诊断标准，势必造成大部分结核患者漏诊。痰涂片镜检连续观察300个不同视野或痰涂片荧光染色镜检连续观察50个不同视野未发现抗酸杆菌，判断为痰涂片阴性。但痰涂片检查的缺点是敏感性低。据估计，每毫升痰液涂片细菌浓度≥10条才出现阳性。将痰液标本接种于相应培养基上进行培养，经过规定观察时间后仍无结核杆菌生长则判定为阴性。涂片阴性和培养阴性统称菌阴。“涂阴”并非是真正的菌阴，包含一部分涂阴而培养阳性的结核病例。“菌阴肺结核”如不治疗，近一半可发展为涂阳，成为新的传染源。
“菌阴肺结核”患者临床症状大多较轻，不少患者是在体检时发现的。
一般症状 大多慢性起病，早期有周身不适、乏力、盗汗，休息后不能解除。伴发热、纳差、消瘦，重症可长期厌食，营养不良，女性可有月经失调或闭经等。
呼吸系统 多有咳嗽、咯痰，咯血是肺结核较突出的症状，发生率为30%~70%，常为肺结核的首发症状；胸痛因人而异；伴呼吸困难提示肺结核严重或存在合并症、并发症。
肺外表现 初次结核菌感染后可发生结节性红斑、疱疹性角膜结膜炎、结核性风湿性关节炎等；伴有肺外结核如浆膜结核、肠结核等。X线检查常表现为肺部的斑片、斑点、结节状阴影，病变呈多灶、多形、多样性，密度不均。好发于肺上叶尖后段和下叶背段。有的表现为直径在3厘米以内的球形病灶。
“菌阴肺结核”的高发人群、易感对象为排菌肺结核患者的密切接触者；未接种卡介苗的儿童；边远地区来城镇就学、务工人员；结核菌素试验近期转阳，3岁以内幼儿阳性反应，15岁以下儿童强阳性反应；既往有肺结核史，或肺外结核病未治疗或不规范治疗；反复感冒或迁延不愈；肺部感染性病变，抗感染治疗无效或疗效不佳；过度劳累，生活不规律，营养不良，精神创伤；与结核病相关的疾病及用药，如糖尿病、胃切除术后、应用肾上腺皮质激素及其他免疫抑制剂，人类免疫缺陷病毒感染（艾滋病）等。
支气管镜检查主要用于胸部X线检查发现肺部有异常病灶，而痰菌阴性或无痰检查的可疑肺结核患者，或需与肺部其他疾病进行鉴别诊断的患者。镜检后3天内连续查痰，可提高结核菌检出的阳性率。可疑肺结核患者在痰涂片、培养阴性时，应做以下实验室检查：基因诊断技术、血清免疫学检查 、酶学检查等。