还有的男性精子数量和质量都没有问题，但是其他问题却阻挠了精子与卵子相遇。
逆行射精
患者性交时能达到性高潮且有射精感，但无精液从尿道排出，性交后尿液中有精子和果糖，即精液逆行流入膀胱内。主要是由于膀胱颈不能关闭或膜部尿道阻力过大所致。在治疗的时候，医生会根据病情使用相应的药物，如果是糖尿病引起的就要先治疗糖尿病。对于先天畸形则可能需要手术来重建膀胱颈。
输精管道梗塞
精子排出须通过睾丸输出小管、附睾管、输精管、射精管及部分尿道，以上任何部位的阻塞都会影响精子的排出。单侧输精管道阻塞，对生育影响不大；双侧堵塞时，精子不能正常排出，就会导致不育。输精管道的阻塞会造成阻塞性无精子症，也称为假性无精子症，其临床表现是睾丸大小正常，无精子，血促卵泡生成素（FSH）及睾酮含量正常，睾丸活组织病理检查结果正常。通常可以用手术治疗。但有的患者因为基因缺陷先天没有输精管道，就只能从附睾获得精子然后做人工授精。
抗精抗体
有的男性精子本来没有问题，但是他们的免疫系统却会对精子产生抗体，并且杀死精子。精子都被自己的免疫细胞杀死了，当然就没有办法繁育后代了。可以使用药物抑制免疫反应，让精子逃过免疫细胞的追杀。也可以用培养液洗涤精子后再进行人工授精。
精索静脉曲张
患者阴囊部下坠痛和胀大，可放射至下腹部和腰部，运动、站立过久或劳累后症状加重，平卧和休息后减轻，有些患者合并神经衰弱及性功能减退等症状。精索静脉先天性无瓣膜或静脉瓣关闭不全引起静脉血逆流，是造成精索静脉曲张的主要原因。有35%的男性不育都是由于精索静脉曲张造成的，不过这也是最容易治疗的不育。手术修正病变的静脉即可。